Bruno, ferramentas para testes funcionais existem várias. Depende muito do seu sistema, para sites web, existe o Selenium. O Fit é um framework para criar suites de testes funcionais é recomendo bastate seu uso.

No meu caso mais recente, para exemplificar, eu programei o negocio todo, que é bem simples até se você for ver. São umas 10 classes responsáveis por subir um banco de dados, carregar a aplicação, executar os testes e verificar os resultados.

Estou usando javascript (via rhino) para verificar os resultados, de forma que é trivial escrever mais testes. Meu caso é bem atípico por se tratar de uma aplicação em lote que processa arquivos em disco, então a entrada de cada teste são um punhado de arquivos e a saída são alguns registros em banco e outros arquivos de resultado.

Assim, nao soh a cobertura dos seus testes unitarios aumenta, mas vc evita builds muito longos (e talvez ache possiveis bugs na sua suite de testes funcionais, tambem).